O grande destaque da mata original era o pau-brasil, que deu origem ao nome do nosso país. Alguns exemplares eram tão grossos que três homens não conseguiam abraçar seus troncos. O pau-brasil hoje é quase uma relíquia, existindo apensa alguns exemplares no Sul da Bahia.
Atualmente da segunda maior floresta brasileira restam apenas cerca de 5% de sua extensão original. Em alguns lugares como no Rio Grande do Norte, nem vestígios. Hoje da área litorânea que era coberta pela Mata Atlântica é ocupada por grandes cidades, pastos e agricultura. Porém, ainda restam manchas da floresta na Serra do Mar e na Serra da Mantiqueira do Brasil.
A principal cultura “importada”, nos primeiros anos de colonização foi à cana-de-açúcar. Que na terra virgem da Mata era desnecessário qualquer tipo de adubo, além disso, em certos lugares a cana poderia ser cortada após ano. Fato considerado excepcional para os interesses dos colonizadores, pois em outros lugares como a ilha da Madeira e em São Tomé o adubo já era empregado com certa freqüência nos canaviais. Foi com o açúcar que o Brasil conheceu o modelo português de plantation escravista que iria perdurar por mais de 300 anos.
A cultura indígena logo foi disseminada. Práticas nativas foram abandonadas e já por volta da metade do século XVI, apesar da exorbitância dos recursos naturais, há relatos que em algumas aldeias tupis onde instrumentos de ferro eram poucos, existia visíveis sinais de fome entre os índios. Além disso, com o contato entre europeus e nativos houve uma quantidade enorme de doenças até então desconhecidas pelos últimos. Estes fatores fizeram com que por volta de 1600 só restassem em torno de apenas 5% de índios existentes desde a chegada dos europeus em 1500, um assombroso extermínio em 100 anos. O avanço da espécie humana sobre a floresta sempre se fundou em destruição, seria irreversível.
A criação de gado, que era a princípio vista como”uma maravilha” pois o crescimento dos pastos era luxuriante, fazendo com que os animais engordassem rapidamente também sofreu limitações, pois após uma ou duas gerações de pastoreio essas paisagens edênicas transformava-se em solos devastados. O gado tendia a pastar demais no capim mais palatável, com isso os campos definhavam em plantas raquíticas, ou doentias. A solução era sempre devastar novas áreas da Mata.
Por não ter capacidade administrativa, nem recursos suficientes o novo “ Estado brasileiro passa a Mata para as mãos de interesses privados que assumem a terra não mais na busca de metais preciosos, já esgotados, mas como agricultores vorazes por novas terras para o cultivo de uma cultura exótica e de enorme potencial econômico, o café deveria ser plantado em terras “virgens”. Esta suposição se dava muito porque o trabalho e o capital eram escassos para se gastar com plantio em solos menos férteis. O café passou nesta nova fase da agricultura no país a ser produto das grandes fazendas doadas em sesmarias. O cafezais foram em última análise, ao mesmo tempo, a salvação da aristocracia colonial e a intensificação da destruição dos recursos da Mata Atlântica, especialmente pelo uso mais intensivo das queimadas para derrubar a floresta.
Porém as queimadas para os cultivos de café não foram os únicos instrumentos utilizados na devastação da Mata Atlântica durante este período, o comércio de café induziu o crescimento demográfico, a urbanização e logo a industrialização e a construção de ferrovias.
Um dos motivos para preservar o que restou da Mata Atlântica é a rica biodiversidade, ou seja, a grande variedade de animais e plantas. Calcula-se que nela existam dez mil espécies de plantas, sendo 76 palmeiras, 1312 espécies de mamíferos, 214 espécies de aves, 23 de marsupiais, 57 de roedores, 183 de anfíbios, 143 de répteis e 21 de primatas. Dentre estes animais estão vários morcegos destacando-se uma espécie branca. Dos símios destacam-se o muriqui, que é a maior e mais corpulenta forma de macaco tropical, e o sauí-preto que é o mais raro dos símios brasileiros e outras espécies.
Ambientalistas brasileiros que desde a década de 70 lutavam para delimitar reservas florestais no país subitamente começaram a ganhar apoio e atenção internacional. Uma parte desta atenção foi canalizada para já destruída Mata Atlântica, que foi reconhecida, juntamente com as florestas de Madagascar como uma das mais ameaçadas do mundo. A partir desta década o movimento ambientalista brasileiro começou a se tornar um movimento político.
